三男三女もしくは二男五女のほか庶子数人がいたとされる。
長男：石田重家 - 関ヶ原の戦い後、徳川家康に助命され出家。
次男：石田重成 - 津軽氏に匿われ杉山源吾を名乗る。子孫は津軽家臣。
娘：辰姫 - 高台院養女。弘前藩2代藩主津軽信枚の正室、のち満天姫（家康養女）降嫁により側室に降格。子に3代藩主津軽信義。
娘：某 - 石田家臣の山田某に嫁ぐ。山田某の叔母は家康の側室茶阿局でその縁から石田家没落後は妻（三成の娘）を連れ松平忠輝に仕えた。（異説有）
娘：某 - 蒲生家臣の岡重政室。重政が藩主蒲生忠郷の母振姫（家康の三女）の勘気に触れ切腹処分になると会津を離れる。子の岡吉右衛門の娘は徳川家光の側室お振の方（自証院）（三成の曾孫にあたる）。お振の方は家光の長女千代姫を産み、尾張徳川家に嫁いだ千代姫の血が7代藩主徳川宗春まで続く
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